Data citations

<ref>タグとその中に含まれる要素

これらの推奨事項には、文献リスト内のデータセットに引用タグ付けするための、最良慣行が含まれます。

注記事項

1．データ引用の機械可読性実現の為に必要なタグが、JATS 1.1d2の更新から利用可能になったため、これらの推奨事項は1.1d2以降にのみ適用されます。

2．以下の推奨事項は、データやデータセットに関する引用に特化したものです。
全般的な内容については、JATS4Rの引用タグ付けの推奨事項(Citations recommendations)を参照ください。

・Adapting JATS to support data citation（データ引用をサポートするためのJATS改変）
・Force 11 Joint Declaration on Data Citation Principles（データ引用原則に対するForce 11の共同宣言）

1.<mixed-citation>タグまたは<element-citation>タグの属性@publication-type=”data”

データセットの引用であるということを示すために、@publication-type属性の値には“data”を使用してください。そのデータセットがリポジトリ全体であっても（同様）です。

■検証機の結果：

<data-title>タグがあるのに属性の値が“data”でない場合、エラー

2.<person-group>タグの@person-group-type属性

(JATS)1.1d2版のこの属性に対する値のリストには、特にデータの引用をサポートする「curator （学芸員、収集物管理者）」が含まれています。適宜 curatorを使用ください。

■検証機の結果：

参考

3.<data-title> または<source>タグについて

少なくとも <data-title> または <source>タグどちらか1つはなくてはいけません。 <data-title> にはデータセットのタイトルを入れてください。 <source>タグにはリポジトリの名前が含まれます。可能な場合は両方とも記述するべきです。

■検証機の結果：

もしどちらもない場合はエラー

4.<year>タグについて

データが保存された４桁の年が入ります。 (またはデータセットが定期的に更新される場合、データの年には研究で引用される年が用いられます。)

■検証機の結果：

もし年が4桁でない場合、エラー

5.<pub-id>タグについて

この要素は要素の内容としてデータのリポジトリIDを保持するために使用されます。存在するのであれば、データの完全なURIを@xlink:href属性の値としても保持するためにも使用されます。そのURIは、DOIまたは同様の持続性のある識別子であるべきです。@pub-id-type 属性を指定しなければなりません―詳細は次の推奨事項を参照ください。

■検証機の結果：

参考

6.<pub-id>タグの@pub-id-type属性

タグライブラリ(Tag Library)で記載されていること（“出版物の識別子の種類、または識別子を定義した機関またはシステム”）とは異なり、この属性は識別子の種類の記述に「のみ」用いられるべきであり、識別子を定義した機関やシステムを特定するためには用いるべきではありません。機関やシステムを特定するためには、@assigning-authority （次項参照）を使用してください。

たとえば、CrossRefによって付与されたDOIは、@pub-id-type属性の値を“ doi”、@assigning-authorityの値を“crossref”とすべきです。多く識別子には1種類の登録機関しかありません。

たとえばPubMed IDは常にNLM(National Library of Medicine)によって付与されます。このような場合は、@pub-id-type属性を用いて@assigning-authorityは使用しません。

■検証機の結果：

属性値の登録に対する議論を継続している間は延期

7.<pub-id> タグと <ext-link>タグの@assigning-authority属性

複数の機関で登録可能な識別子で、登録機関がわかっている場合、@assigning-authority属性を<pub-id>タグに付与します。たとえば“crossref”または“figshare”といった値が想定されます。値は小文字でなければなりません。

■検証機の結果：

今の所は参考；属性値の登録の実装の間に変更されるかもしれません

8.<version>タグの@designator属性.(1.1d2版以降)

データセットの機械可読用のバージョンを入れるために、この属性を使用してください。要素の内容には、人が読んで理解するための文章を入れられます（例を参照ください）。

■検証機の結果：

もし@designator属性がない場合、エラーになります

<ref id="d1">
　<element-citation publication-type="data">
　　<person-group person-group-type="author">
　　　<collab>The Concerto Consortium</collab>
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　　<data-title>Title of data set</data-title>
　　<year iso-8601-date="2014">2014</year>
　　<source>Repository Name</source>
　　<pub-id pub-id-type="doi" assigning-authority="figshare" xlink:href="http://dx.doi.org/10.1234/1234321">10.1234/1234321</pub-id>
　　<version designator="16.2">16th version, second release</version>
　</element-citation>
</ref>

ここに eLife からの追加例を示します。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!--Data reference: Dryad dataset -->
<ref id="bib8">
　<element-citation publication-type="data">
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　　<year iso-8601-date="2015">2015</year>
　　<data-title>Data from: Genome-wide errant targeting by Hairy</data-title>
　　<source>Dryad Digital Repository</source>
　　<pub-id pub-id-type="doi" assigning-authority="Dryad Digital Repository"
　　xlink:href="http://datadryad.org/resource/doi:10.5061/dryad.cv323"
　　>10.5061/dryad.cv323</pub-id>
　</element-citation>
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<!--Data reference: RCSB Protein Data Bank -->
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　<element-citation publication-type="data">
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　　<data-title>Crystal structure of KRYPTONITE in complex with mCHH DNA and
　　SAH</data-title>
　　<source>RCSB Protein Data Bank</source>
　　<pub-id pub-id-type="doi" assigning-authority="RCSB Protein Data Bank"
　　>10.2210/pdb4qen/pdb</pub-id>
　</element-citation>
</ref>
<!--Data reference: ProteomeXchange: pub-id-type="archive" - not clear what this number is, so default option -->
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　　<data-title>ISG15 counteracts <italic>Listeria monocytogenes</italic>
　　infection</data-title>
　　<source>ProteomeXchange</source>
　　<pub-id pub-id-type="archive"
　　xlink:href="http://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD001805"
　　>PXD001805</pub-id>
　</element-citation>
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<!--Data reference: ArrayExpress: pub-id-type="accession"-->
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　　<year iso-8601-date="2015">2015b</year>
　　<article-title>Transcription profiling by high throughput sequencing of LoVo
　　cells infected with Listeria for 24 hr compared to uninfected
　　cells</article-title>
　　<source>ArrayExpress</source>
　　<pub-id pub-id-type="accession"
　　xlink:href="https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-3649/"
　　>E-MTAB-3649</pub-id>
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<!--Data reference: NCBI Gene Expression Omnibus: pub-id-type="accession" assigning-authority="NCBI"-->
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　　<data-title>NKX2-5 mutations causative for congenital heart disease retain
　　functionality and are directed to hundreds of targets</data-title>
　　<source>NCBI Gene Expression Omnibus</source>
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<!--Data reference: NCBI Nucleotide: pub-id-type="accession" assigning-authority="NCBI" contains version details-->
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　　<data-title>Mus musculus T-box 2 (Tbx2), mRNA</data-title>
　　<source>NCBI Nucleotide</source>
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　</element-citation>
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<!--Data reference: NCBI Gene Expression Omnibus (GEO): pub-id-type="accession" assigning-authority="NCBI"-->
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　　<data-title>Effects on the transcriptome of adult mouse pancreas (principally
　　acinar cells) by the inactivation of the Ptf1a gene in vivo</data-title>
　　<source>NCBI Gene Expression Omnibus</source>
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<!--Data reference: NCBI BioProject: author is a collab pub-id-type="accession" assigning-authority="NCBI" example of 3 references with same author/year-->
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　　<data-title>Global Diversity of Shigella Species</data-title>
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　　<source>NCBI BioProject </source>
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<!--Data reference: JASPAR-->
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　　<data-title>SKN-1 from the JASPAR CORE database</data-title>
　　<source>JASPAR</source>
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　　<data-title>ChIP-Seq Identification of C. elegans TF Binding Sites</data-title>
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